Конец логичен - если бы они просто повесли его, то мы получили бы обратный эффект - запахи не имеют никакой силы, и убивал парфюмер впустую. А это не так, весь фильм построен именно на власти и магии ароматов. Это просто идея, поставленная под увеличительное стекло - именно запах заставляет нас чувствовать, любить. падать на колени, в конце концов. Тяжело натурально сделать сцену, в которой к своему ужасу ты осознаешь, что страшный убийца - невинный агнец и не можешь ничего сделать. Вспомни отца. 
А оргия - всего лишь результат эксперимента их серии "а что если в эту замечательную зеленую гадость добавить вооон тот красный порошочек? ..бум..." аромат каждой из убитых девушек внушал любовь, симпатию, доверие, а, смешав их все, получили зелье такой силы, что устоять перед ним было невозможно. Все, что через край, имеет обыкновение давать непредсказуемые результаты. Так и здесь. Плюс в случае казни мы лишились бы той самой наивной, нарочито-выпяченной идеи верховенства простых человеческих чуйств над любой властью, пусть даже самой непреклонной и несвержимой. Бедный юноша стоит и вспоминает первую, нечаянную жертву, осознает, что все могло быть по-другому. Но он не из этого мира, и все, что коснулось его рук, гибнет. Его способность созидать меркнет на фоне той деструктивной силы, что окаймляет существование парфюмера. Сюда же можно привязать идею непротиворечия природе, но это будет уже несколько натянуто - не в том смысл, на мой взгляд.

Итог же фильма - в своих поступках Гренуй всегда был несколько истеричен, он как ребенок, что не соизмеряет последствий и не умеет расчитать силу - движимый навязчивым, неодолимым желанием быть любимым, поняв, в чем заключалась суть его исканий, он выливает весь флакон духов на себя - именно там, откуда он пришел, в своей изначальной среде - заканчивая свое существование будучи растерзанным толпой нищих, которые до конца уверены. что сделали доброе дело - урвать кусок ангела для них положительный поступок, и это шокирует. Гренуй никогда не был любим - его отвергла мать, ненавидели в приюте, продали в рабство, эксплуатировали - и всё его существование было подчинено лишь одному стремлению - сохранить истинную красоту, создать то, что заставит людей любить его, нечто совершенное. весь мир сузился для него до одной точки - ароматов, и через эту призму он воспринимает жизнь.